Das Institut für Physiologie und Pathophysiologie der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität Salzburg wurde am 1. September 2004 gegründet. Zum Vorstand wurde Univ. Prof. Dr. Markus Ritter berufen. Die Institutsräumlichkeiten befinden sich im Gebäude der Paracelsus Universität in der Strubergasse 21 (Labor für Funktionelle und Molekulare Membranphysiologie, FMMP), im Gebäude der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Paris Lodron Universität in der Billrothstraße 11 (Labor für Translationale Immunforschung, TIF) in Salzburg sowie in der Schareckstraße 4 in Bad Gastein (Forschungsinstitut Gastein, FOI). Das Institut vertritt die Fächer medizinische Physiologie und medizinische Pathophysiologie in Lehre und Forschung. Die Wissenschaft der Physiologie erforscht und beschreibt die normalen, nicht krankhaften Körperfunktionen auf allen Ebenen vom Gesamtorganismus über die Organe, Gewebe, Zellen, subzellulären Strukturen bis zu molekularen Prozessen. Die Pathophysiologie beschreibt und erforscht die Ursachen und insbesondere Auswirkungen von krankmachenden Störungen innerhalb dieser Systeme. Physiologie und Pathophysiologie stellen somit die zentralen medizinischen Basisdisziplinen für das Verständnis und die Behandlung von Erkrankungen dar.

In der Lehre ist das Institut mit der Organisation, Koordination und Durchführung der Lehrveranstaltung „Klinische Physiologie der Organsysteme“ des 2. Studienjahres betraut. Im 4. Studienjahr obliegt dem Institut die Mitbetreuung der StudentInnen während des Forschungstrimesters. Weiters betreut das Institut DoktorandInnen der postgraduellen Studiengänge „Molekulare Medizin“ und „Medizinische Wissenschaft“.

Die Schwerpunkte der wissenschaftlichen Forschung des Instituts liegen auf den Gebieten der molekularen Membranphysiologie (FMMP), der Allergieforschung (TIF) sowie auf den Erkrankungen aus dem rheumatischen Formenkreis (FOI). Mit Hilfe modernster bio-nanotechnologischer Methoden werden die funktionellen und strukturellen Eigenschaften der Zellmembran und insbesondere von Ionenkanälen im Hinblick auf verschiedene Erkrankungen untersucht. Weiters widmet sich das Institut der Allergieforschung im Hinblick auf die Pathogenese und Prävention der Erkrankung. In klinischen Studien wird die Wirkung der kombinierten Hyperthermie/Radon-Therapie der Gasteiner Gesundheitseinrichtungen auf das Osteoimmunsystem von PatientInnen mit Spondylitis ankylosans (Mb.Bechterew), rheumatoider Arthritis und anderen Erkrankungen des rheumatischen Formenkreises untersucht. In allen Forschungsbereichen wird intensiv an der Entwicklung neuer therapeutischer Strategien der jeweiligen Krankheitsentitäten gearbeitet. Intensive Forschungskooperationen bestehen mit namhaften nationalen und internationalen wissenschaftlichen Einrichtungen (u.a. Paris-Lodron Universität Salzburg, Universität Mailand, Italien; Yale University, USA; University of Cambridge, UK; Universität Tübingen, BRD).