Die Finanzierung der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität erfolgt zum überwiegenden Teil aus privaten Geldmitteln.

Die regionalen politischen Träger (Land und Stadt Salzburg, Salzburger Gemeindeverbund) tragen derzeit ein Drittel des Jahresbudgets, darüber hinaus ist dieses durch Studiengebühren sowie Querfinanzierung aus Forschungsaufträgen und Eigenerträge (z. B. Fortbildungskurse, etc.) gewährleistet. Auf Mittel des Bundes hat die Privatuniversität keinen Anspruch.